Når der skal udvælges sorter som forældre til nye krydsninger er der mange faktorer, der skal tages i betragtning. Man vælger typisk sorter, der supplerer hinanden m.h.t. udvalgte egenskaber, f.eks. resistens, men hvor andre egenskaber, f.eks. spisekvalitet, er ens.

Sorter af samme type vil ofte have fælles afstamning, og det er vigtigt at vælge sorter, der er så lidt i familie med hinanden som muligt. Kartofler er tetraploide (har 4 sæt kromosomer) og meget heterozygote (er hybrider), dvs. at de udnytter krydsningsfrodighed. ”Bagsiden” af krydsningsfrodigheden er indavlsdepression, hvor afkommet af nærtbeslægtede individer bliver dårligere på mange områder. Man vil derfor så vidt muligt undgå at krydse nærtbeslægtede sorter.

På forædlingsstationen er opbygget en forældredatabase med 12.000 numre, hvor indavlsgraden kan beregnes for påtænkte eller eksisterende krydsninger, men stadig er der mange krydsningsforældre, hvis afstamning er helt eller delvis ukendt.