Glycoalkaloider er giftstoffer, der findes i de fleste medlemmer af natskyggefamilien, heriblandt kartofler.

Indholdet i kartoflens blade og bær er så højt, at disse dele er direkte giftige. Indholdet i knoldene er meget lavere, men varierer mellem de forskellige sorter og fra det ene år til det andet. I de dyrkede kartofler findes næsten udelukkende glycoalkaloiderne solanin og chakonin, i nogle vildarter findes derudover en række andre glycoalkaloider.

Før en sort kommer på markedet er det vigtigt at kende dels det normale niveau af glycoalkaloider i knoldene, dels hvor meget niveauet påvirkes af stress. Det er almindeligt kendt at lyspåvirkede (grønne) knolde har højere indhold end knolde opbevaret i mørke, men også tørke eller vandlidende jord under væksten samt mekaniske skader fra optagning og sortering øger indholdet. Det vides, at nogle sorter reagerer meget stærkere på stress end andre, et eksempel er den gamle spisesort Magnum Bonum, der blev dyrket en del i Sverige indtil hele avlen et år måtte kasseres på grund af ekstraordinært høje glycoalkaloidværdier.

Måling af glycoalkaloidindholdet er arbejdskrævende og dermed dyrt, og på grund af års- og stedvariationerne skal målingerne gentages over flere år. Det vil derfor være en stor fordel, hvis man på forhånd kan kassere sorter med risiko for forhøjet glycoalkaloidindhold.